Mózg Cthulhu pojawi się po zniszczeniu trzech szkarłatnych serc, które znajdują się w głębi Szkarłatu, w tak zwanych rozpadlinach. Aby się do nich dostać trzeba się przebić przez szkarłatne bloki, a do tego potrzebny jest kilof o sile co najmniej 65%. Zamiast tego można użyć bomb, lub proszku oczyszczającego. Niszczy się je za pomocą młota. Czasem zdarza się że nie są chronione przez szkarłatne bloki i można je bez przeszkód zniszczyć. Brain of Cthulhu można przywołać również za pomocą krwawego kręgosłupa. Można to zrobić tylko w Szkarłacie.
Mózg Cthulhu ma tylko 1,000 HP, lecz nie możemy mu nic zrobić, dopóki nie pokonamy czychaczy (Creeper), które latają wokół bossa i atakują nas. Po zabiciu czychaczy Mózg Cthulhu przechodzi do bezpośredniego ataku. Im ma mniej zdrowia tym te ataki są szybsze i bardziej agresywne. Nie jest odporny na odrzut, więc broń z dużym odrzutem jest bardzo pomocna.
Mózg Cthulhu jest jedynym źródłem próbek tkanki (nie licząc jego pomocników) w grze, a także upuszcza dużą ilość szkarłatnych rud.